Главная > Тексты > Систематика > Теория и практика

Конспект дискуссии о кладизме - 1

(ссылка 1) lubech (2006-12-26), asafich vs. kouprianov. Подгонка под заданный ответ в кладизме. Способы: включение и исключение признаков, задание веса признаков, подбор алгоритма обсчета и согласования, выбор таксонов, относящихся к in-group, выбор внешней группы. Кодирование признаков – это еще не «кладистика», однако оно существенно влияет на результат. Разбор примера из практики asafich.

(ссылка 2) lubech vs. kouprianov (2007-01-04) Работа коллег lubech с пакетом SYNAP: признакам придается вес, согласно воззрениям исследователя на важность того или иного признака, то есть интуитивно. Поляризация производится также интуитивно. Кластерный анализ – сопоставление с кладистикой. В обоих случаях на основе матрицы с помощью формальных алгоритмов сооружается кластер. В кластерном анализе также возможна подгонка под заданный ответ: используя разные коэффициенты сходства, методы группирования и отбор признаков, можно получить кластер любого вида. Кладизм состоит в: 1) отказе от не-монофилетических групп, 2) аргументация по поводу монофилии тех или иных групп должна проводиться по определенным правилам. Когда-то это делали без машин, однако, поскольку эти правила оказалось легко эксплицировать, удалось создать и компьютерные программы. Формальные филогенетические схемы создавать полезно, но они не должны перечеркивать сложившуюся систематику. Пикировка по поводу того, кто больше интегрирован в мировое научное сообщество. Разбор вопроса об отношении принципов кладизма (монофилия) к гибридогенным видам. Кладистический анализ предназначен для выявления ветвящихся, а не ретикулярных паттернов, поэтому гибридные виды ему мешают.

(ссылка 3) lubech (2007-01-05), kouprianov vs. asafich. Сравнение кластерного анализа и кладистики. Пример того, как алгоритм кластеризации разительно меняет топологию дерева в кластерном анализе. Деревья при кластерном анализе выражают принципиально иное содержание, чем кладограммы. Кластерный анализ – это исчисление сходств между таксонами, кладистика – исчисление отличий данной группы от всех прочих. Внешняя группа служит репером, от которого отсчитываются эти отличия. Для кластерного анализа внешняя группа не нужна, т.к. там речь идет именно об исчислении сходств между объектами, которые не надо ни от чего отличать. Синапоморфия, конечно, может трактоваться как сходство (по апоморфному состоянию признака), но она не обязана быть классообразующим сходством. Архетип монофилетической группы может оказаться очень бедным. Пикировка по поводу примера с птицами и крокодилами.

(ссылка 4) kouprianov (2007-01-06) & lubech. Изложение схемы кладистического анализа на гипотетическом примере. Попытка применения к тому же примеру кластерного анализа.

(ссылка 5) kouprianov (2007-01-06) vs. asafich. Попытка сопоставления с линнеевской терминологией. Определение уникальной апоморфии практически совпадает с «сущностной характеристикой» (character essentialis) Линнея. «Естественный признак» (character naturalis) – это каждый зарегистрированный признак либо признак, особо ценный для построения естественной системы.

(ссылка 6) asafich (2007-01-05) vs. lubech & kouprianov. SYNAP – это не кладистический пакет! Это попытка по максимуму формализовать те процедуры, которыми пользуется традиционный систематик. Но попытка эклектичная: это смесь кладистики и фенетики. Причем фенетика преобладает. Положительный момент: построение деревьев в нём позволяет точно фиксировать, по каким именно позициям идет «подгонка» к желательному результату, то есть принимаются допущения, основанные на интуиции. Такая работа заставляет систематика «проговаривать» свой интуитивный опыт, что само по себе полезно и эвристично.

(ссылка 7) zerde (2006-12-27) vs. asafich. Когда осмыслено использование кладистики. В случае двух-трех близких видов – вряд ли. Но бывают случаи, когда кладистические алгоритмы оказываются вполне адекватны материалу. Это когда для каждого таксона есть много признаков заведомо равного веса. Такой материал дают, например, некодирующие последовательности ДНК. О наличии «рьяных» кладистов.

(ссылка 8) kouprianov (2006-12-30) vs. trombicula. Пикировка на тему о том, связано ли неприятие кладизма с «изоляцией» России.

(ссылка 9) kouprianov (2007-01-06) vs. asafich. Для каких данных кладистика дает лучший результат: сравнительно-анатомических или молекулярных. Для высших растений, пока не было молекулярки, кладистический анализ не давал воспроизводимых результатов. У насекомых и приматов, напротив, молекулярные данные не привнесли особых новшеств. В молекулярке вместе с кладистикой (обычно maximum parsimony) используются maximum likelyhood или Bayesian inference. Они выстраивают дерево, исходя из той или иной модели изменений нуклеотидной последовательности – это не кладистика.

(ссылка 10) asafich (2006-12-27) vs. trombicula, zerde vs. kouprianov. Причины ненависти к кладизму. Стандартизованные алгоритмы апеллируют к той или иной модели мира, эту модель сильно упрощают, на выходе дают продукт, в котором заведомо присутствуют искажения «реальных» связей между объектами. Этот продукт может подменять собой изучение реальных связей. Адекватное отношение к стандартизованным алгоритмам – рассматривать их как методы представления данных, а не «научное обоснование» систематики. Повидимому, это более распространено среди ботаников, а «рьяные» кладисты – чаще зоологи. Пикировка о том, можно ли кладистику считать «языком» систематики. Что такое реальные связи между объектами в систематике.

(ссылка 11) vigna (2007-01-06) vs. asafich. Обсуждение степени адекватности отдельных ботаников.

(ссылка 12) trombicula & asafich vs. kouprianov (2007-01-06). Место интуиции в традиционной систематике. Пикировка по поводу примера с птицами и крокодилами. Что такое анагенетический компонент (который игнорирует кладизм, учитывающий только кладогенетический компонент). Ссылки на опыт участников: kouprianov, занимаясь микролепидоптерами, на опыте узнал важность апоморфий; trombicula же в системе клещей-краснотелок видит только чистую комбинаторику.

(ссылка 13) аноним (2007-01-08) vs. kouprianov. О том, что кладистическая реконструкция не соответствует реальному ходу эволюции. Примеры из сравнительной анатомии млекопитающих. Ссылки на Иорданского и Татаринова. Значение кладизма, как эксплицитного метода, допускающего обсуждение и проверку результатов. Однако грамотное, логически обоснованное сравнение и анализ, допускающий критику и обсуждение, вполне могут иметь место и в рамках традиционной систематики. А кладистика может выступать в качестве священного писания, не подлежащего критике. Место интуиции в науке. Интуиция – только первый посыл. Когда же результат ложится на бумагу и обоснован , то это уже не интуиция, а доказательство.

Александр Стекольников, 2007